En el sentit de ‘causar incomoditat’, és transitiu:
La presència de molta gent incomoda les persones amb autisme.
La teua ausència la va incomodar. (I no: * La teua ausència li va incomodar.)
Com a sinònim de enfadar-se, és pronominal:
Núria es va incomodar perquè no anares a la seua festa.
Compareu amb fastiguejar, molestar.